Ese 27 de mayo, hombres armados pertenecientes a una disidencia de las FARC se acercaron a su vivienda y lo obligaron a él y a uno de sus trabajadores a que los llevaran en un vehículo hasta el caserío San Isidro. En medio del recorrido, fueron interceptados y atacados por miembros del Ejército nacional, quienes adelantaban una operación contra el grupo guerrillero (para entonces al mando de alias 'Rodrigo Cadete'), según relató al medio de comunicación Noticias Caracol, Ludivia Galíndez, presidenta de la Junta de Acción Comunal de la que hacía parte Silva. 

En el operativo resultaron muertos Juvenal Silva y su ayudante, Jefferson Monroy, además de 10 presuntos disidentes. El general César Augusto Parra, comandante de la sexta división del Ejército, señaló que entre los disidentes muertos había “dos personas que vestían trajes de civil, y que el resto usaba uniformes de las fuerzas militares".